Библиотека основана в 1963 г., является структурным подразделением Библиотеки по естественным наукам РАН (отделом БЕН РАН).
Так как Институт микробиологии им. С.Н. Виноградского РАН является ведущим учреждением страны, занимающимся вопросами систематики, экологии, генетики и биотехнологии микроорганизмов и вирусов, то комплектование литературы идет по этим направлениям.
Комплектование библиотеки осуществляется через центральную библиотеку БЕН РАН, а также за счет даров от частных лиц.
На весь фонд имеется справочный аппарат. Книги, продолжающиеся периодические издания, сборники представлены в алфавитном и систематических каталогах. К последнему имеется алфавитно-предметный указатель. В библиотеке ведется картотека диссертаций и алфавитный каталог авторефератов. Книжный фонд расставлен в систематическом порядке в соответствии с принятой систематизацией по ББК для научных библиотек, а журналы — строго по алфавиту. Ко всему фонду организован свободный доступ читателей. Фонд для удобства читателей оформлен плакатами и полочными разделителями.
Библиотека в настоящее время имеет фонд отечественной и иностранной литературы около 32000 п.ед. Это — отечественные и иностранные книги (около 10000 п.ед.) и периодические издания — отечественные и иностранные (около 22000 п.ед.).
Для читателей библиотеки открыт доступ к электронным информационным отечественным и зарубежным ресурсам.
Библиотека регулярно проводит тематические выставки и выставки новых поступлений.